Hace 500 años, la emblemática carabela "Santa María", un tipo de buque medieval que había llevado el Almirante Colón a las Indias (más tarde conocidas como el Nuevo Mundo), así como su tripulación, compuesta por 39 marineros, desaparecieron misteriosamente tras desembarcar en La Española (actualmente Haití-República Dominicana), donde posiblemente se llevó a cabo el primer asentamiento europeo en América (Fuerte Navidad).

Ahora, dos científicos deciden buscar algún resquicio de este acontecimiento con la esperanza de encontrar restos de la nave o del supuesto asentamiento. El célebre explorador submarino Barry Clifford ha comenzado una búsqueda de este famoso barco. Barry es un experto solucionando misterios marítimos, entre ellos, el barco del Capitán Kidd en la costa de Madagascar. Ahora, él ha reunido un equipo de buceadores para sondear la costa norte de Haití en la búsqueda de restos del naufragio